标记基因是帮助对转基因生物工程体进行筛选和鉴定的一类外源基因，包括选择标记基因和报告基因。在选择压下，不含标记基因及其产物的非转化细胞和组织死亡，转化细胞由于有抗性而可以继续存活。常用的选择标记基因有抗生素抗性基因。
标记基因目的是为检测目的基因是否成功导入，由于一般都是有"鸟枪法"导入的目的基因，所以成功率并不是很高,目的基因的检测和筛选就显得很有必要。例如：大肠杆菌的某种质粒具有青霉素抗性基因，当这种质粒与外源DNA组合在一起形。
标记基因的作用作用如下：1、标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用；2、在基因工程意义上，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；3、在基因定位意义上，它是对目的基因进行标志的工具，通常用。
标记基因,报告基因傻傻分不清?标记基因(marker gene)是一种能够起特异性标记作用的基因。其实就是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；在基因定位意义上。
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