元朝只存在了短短98年，是中国历史上最短命的王朝之一，这是从小到大历史教科书灌输给我们的观点。然而实际上的大元政权却并不是这样，反而地在历史上持续了相当长的一段时间，直到1635 年末代可汗投降，这段政权才正式终结。不过因为明朝的存在，元朝入主中原的时间相对短暂，这也是后世认为它灭亡过早的原因吧。
元朝前身源自是铁木真于1206年在斡难河河源建立的大蒙古国，大蒙古国疆土辽阔，遍及漠北、华北、东北、西藏、西域、中亚、西亚、东欧等地。但1260年大蒙古国陷入分裂，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊利汗国纷纷独立，由忽必烈统治的蒙古帝国就是日后的元朝。
一般来说，元朝的初年被定为1271年，这一年忽必烈取《易经》「大哉乾元」之意，为蒙古帝国增国号「大元」，大蒙古国改称为「大元大蒙古国」。其时虽然四大汗国尚未承认元朝为宗主国，南宋也与元朝长期处于战乱之中，但元朝的基本骨架都已形成。
元朝因为政治腐败导致民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，各地爆发农民起义。1368年朱元璋在南京称帝，建立明朝，同年北伐，攻占元大都。历史书中都以元大都陷落作为元朝的灭亡标志，然而早在朱元璋北伐时，元帝自知不敌早已迁都北上，攻占元大都远不足以灭亡元朝。
1368年后，元朝退守蒙古本部，但国号仍为大元，因地处塞北故被称为北元。北元政权与明朝长期南北对立，明太祖曾多次写信招降，但北元据不理会，并且屡犯明朝边境。双方对峙十几年中，明朝数次发动北伐，北元势力却依旧盘踞在明朝北方。
《明史》记载，1402年鬼力赤去国号「大元」，复称蒙古，因此还有一种流行的说法将元朝的灭亡时间定在了1402年。然而蒙古史料《蒙古源流》和《黄金史纲》并没有记载过废除「大元」国号一事，1402年后蒙古可汗与明朝皇帝的书信中仍自称大元可汗，可见《明史》的记载存在严重史实错漏。
1388年，明朝大将蓝玉率军奇袭漠北，于捕鱼儿海大败北元主力，几乎生擒了北元宫廷的所有官员，北元政权宣告式微，但蒙古贵族们仍有不少在漠北逃窜。虽然再也无力威胁明朝政权，可是元朝依然在漠北保留着一线生机。
1635年为了为了加强对蒙古诸部的控制，皇太极派兵远征元朝的正统继承者「大元大可汗」额哲，无力抵抗的额哲被迫交出了传承300多年的元朝传国玉玺，率部归降皇太极。皇太极封额哲为察哈尔亲王，「大元」国号被取缔，元朝自此宣告终结。
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