
9、点击BLAST,开始比对,出现结果。颜色代表得分,选择引物的原则是:列表中大部分是目的基因,说明引物特异性高;但是可能物种不同,说明该基因在不同物种中保守。

No.3 :Primerbank
推荐指数:五颗星
理由:哈佛大学的一个qPCR引物数据库,目前有超过20万条引物,涵盖了人和小鼠大部分已知的基因。根据网站上对两万多对引物的验证结果,引物有效率为82.7%。尽量选择这种验证过的qPCR引物,qPCR品质比较有保障。

搜索类型这里,可以根据GenBank accession、NCBI protein accession、NCBI gene ID、primerbank ID、NCBI gene symbol以及keyword六个选项进行搜索。以小鼠的beta-actin为例。

1、首先,到NCBI上找出β-actin的gene ID,如图,选择gene,输入beta-actin:

点击右边的分类musmusculus:

结果就出来了,小鼠beta-actin的NCBI gene ID是11461,而actb则是小鼠beta-actin的NCBI gene symbol。
2、把11461输入到primerbank里面试试:


在这个结果上我们可以看到beta-actin的NCBI gene ID、GenBank accession、NCBI protein accession、coding DNA length等信息。
3、若是改输入beta-actin的NCBI gene symbol:actb,也可以得到相同的结果,往下拉我们还能看到经过验证的引物:



4、点进去可以看到溶解曲线、电泳结果等信息:

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